R/estimate_asympto.R
estimate_asympto.RdEstimate the proportion of asymptomatic cases by capture/recapture
estimate_asympto(date, cases, deaths, bounds = c("lower", "upper"))A vector containing the dates
A numeric vector containing the number of new cases at each
date (not the cumulative number of cases).
A numeric vector containing the number of new deaths at each
date (not the cumulative number of cases).
"lower", "upper", or both c("lower, "upper") (the
default), telling which bounds of the number of asymptomatic cases are
computed.
associated with the lower and upper bounds.
estimation. FALSE is never the recommended setting excepted for testing
or debugging purpose.
A data.frame with two or three columns (depending on the value of
the bounds argument):
date: the original date column
lower: the lower bound of asymptomatic cases
upper: the upper bound of asymptomatic cases
Please note there is currently some discussion about the validity of the methods implemented in this package. You should read carefully the original articles, alongside this answer from Li et al. (2022) before using this package in your project.
Böhning D., Rocchetti I., Maruotti A., Holling H. (2020), Estimating the undetected infections in the Covid-19 outbreak by harnessing capture–recapture methods, International Journal of Infectious Diseases, 97, p197-201, doi:10.1016/j.ijid.2020.06.009 .
Rocchetti I., Böhning D., Holling H., Maruotti A., (2020), Estimating the size of undetected cases of the SARS-CoV-2 outbreak in Europe: An upperbound estimator, medRxiv, doi:10.1101/2020.07.14.20153445 .
Li M., Dushoff J., Earn D.J.D., Bolker B.M. (2022), Evaluating undercounts in epidemics: responsi to Maruotti et al. 2022, arXiv, doi:10.48550/ARXIV.2209.11334 .
d <- readRDS(system.file("extdata", "covid19_italy.rds", package = "asymptor"))
head(d)
#> date new_cases new_deaths
#> 1 2020-01-02 0 0
#> 2 2020-01-03 0 0
#> 3 2020-01-04 0 0
#> 4 2020-01-05 0 0
#> 5 2020-01-06 0 0
#> 6 2020-01-07 0 0
estimate_asympto(d$date, d$new_cases, d$new_deaths)
#> date lower upper
#> 1 2020-01-02 NA NA
#> 2 2020-01-03 0 NA
#> 3 2020-01-04 0 NA
#> 4 2020-01-05 0 NA
#> 5 2020-01-06 0 NA
#> 6 2020-01-07 0 NA
#> 7 2020-01-08 0 NA
#> 8 2020-01-09 0 NA
#> 9 2020-01-10 0 NA
#> 10 2020-01-11 0 NA
#> 11 2020-01-12 0 NA
#> 12 2020-01-13 0 NA
#> 13 2020-01-14 0 NA
#> 14 2020-01-15 0 NA
#> 15 2020-01-16 0 NA
#> 16 2020-01-17 0 NA
#> 17 2020-01-18 0 NA
#> 18 2020-01-19 0 NA
#> 19 2020-01-20 0 NA
#> 20 2020-01-21 0 NA
#> 21 2020-01-22 0 NA
#> 22 2020-01-23 0 NA
#> 23 2020-01-24 0 NA
#> 24 2020-01-25 0 NA
#> 25 2020-01-26 0 NA
#> 26 2020-01-27 0 NA
#> 27 2020-01-28 2 NA
#> 28 2020-01-29 0 2
#> 29 2020-01-30 0 NA
#> 30 2020-01-31 0 1
#> 31 2020-02-01 0 NA
#> 32 2020-02-02 0 NA
#> 33 2020-02-03 0 NA
#> 34 2020-02-04 0 NA
#> 35 2020-02-05 0 NA
#> 36 2020-02-06 0 NA
#> 37 2020-02-07 0 NA
#> 38 2020-02-08 0 NA
#> 39 2020-02-09 0 NA
#> 40 2020-02-10 0 NA
#> 41 2020-02-11 0 NA
#> 42 2020-02-12 0 NA
#> 43 2020-02-13 0 NA
#> 44 2020-02-14 0 NA
#> 45 2020-02-15 0 NA
#> 46 2020-02-16 0 NA
#> 47 2020-02-17 0 NA
#> 48 2020-02-18 0 NA
#> 49 2020-02-19 0 NA
#> 50 2020-02-20 0 NA
#> 51 2020-02-21 182 NA
#> 52 2020-02-22 291 357
#> 53 2020-02-23 44 163
#> 54 2020-02-24 972 1451
#> 55 2020-02-25 39 356
#> 56 2020-02-26 65 318
#> 57 2020-02-27 841 1388
#> 58 2020-02-28 228 745
#> 59 2020-02-29 248 844
#> 60 2020-03-01 1355 2537
#> 61 2020-03-02 212 1154
#> 62 2020-03-03 686 1924
#> 63 2020-03-04 784 2028
#> 64 2020-03-05 1080 2721
#> 65 2020-03-06 838 2615
#> 66 2020-03-07 2091 4799
#> 67 2020-03-08 1995 5067
#> 68 2020-03-09 2312 6240
#> 69 2020-03-10 585 3466
#> 70 2020-03-11 6838 13100
#> 71 2020-03-12 3306 8491
#> 72 2020-03-13 2700 8670
#> 73 2020-03-14 5152 12975
#> 74 2020-03-15 4116 12063
#> 75 2020-03-16 3223 11081
#> 76 2020-03-17 4302 12659
#> 77 2020-03-18 5798 14983
#> 78 2020-03-19 7490 18751
#> 79 2020-03-20 7629 20562
#> 80 2020-03-21 8276 22775
#> 81 2020-03-22 5232 18771
#> 82 2020-03-23 4623 16887
#> 83 2020-03-24 6807 19189
#> 84 2020-03-25 5942 17763
#> 85 2020-03-26 8321 22058
#> 86 2020-03-27 6847 20190
#> 87 2020-03-28 7037 20817
#> 88 2020-03-29 5214 17805
#> 89 2020-03-30 3722 14116
#> 90 2020-03-31 5110 14885
#> 91 2020-04-01 6872 17087
#> 92 2020-04-02 5415 15704
#> 93 2020-04-03 5385 15938
#> 94 2020-04-04 5911 16806
#> 95 2020-04-05 4350 14656
#> 96 2020-04-06 3518 12558
#> 97 2020-04-07 3082 10687
#> 98 2020-04-08 5889 14503
#> 99 2020-04-09 5475 14296
#> 100 2020-04-10 4293 13382
#> 101 2020-04-11 6609 17118
#> 102 2020-04-12 3926 13644
#> 103 2020-04-13 2818 11056
#> 104 2020-04-14 3460 10815
#> 105 2020-04-15 2969 9187
#> 106 2020-04-16 6687 14723
#> 107 2020-04-17 3797 11389
#> 108 2020-04-18 4045 12245
#> 109 2020-04-19 3034 10420
#> 110 2020-04-20 1961 7863
#> 111 2020-04-21 4321 10771
#> 112 2020-04-22 4951 11737
#> 113 2020-04-23 2408 8752
#> 114 2020-04-24 4097 11285
#> 115 2020-04-25 2130 7870
#> 116 2020-04-26 2573 8360
#> 117 2020-04-27 1517 5965
#> 118 2020-04-28 3218 8168
#> 119 2020-04-29 2459 6972
#> 120 2020-04-30 1944 6401
#> 121 2020-05-01 2406 7007
#> 122 2020-05-02 2418 6614
#> 123 2020-05-03 1116 4703
#> 124 2020-05-04 1247 4452
#> 125 2020-05-05 1171 3775
#> 126 2020-05-06 2947 5942
#> 127 2020-05-07 1675 4527
#> 128 2020-05-08 1518 4570
#> 129 2020-05-09 1033 3699
#> 130 2020-05-10 699 2812
#> 131 2020-05-11 886 2732
#> 132 2020-05-12 3428 6185
#> 133 2020-05-13 652 2864
#> 134 2020-05-14 1568 4102
#> 135 2020-05-15 828 2573
#> 136 2020-05-16 1201 3186
#> 137 2020-05-17 622 2245
#> 138 2020-05-18 352 1595
#> 139 2020-05-19 2276 4234
#> 140 2020-05-20 676 2059
#> 141 2020-05-21 807 2306
#> 142 2020-05-22 827 2261
#> 143 2020-05-23 837 2312
#> 144 2020-05-24 454 1795
#> 145 2020-05-25 204 1088
#> 146 2020-05-26 705 1735
#> 147 2020-05-27 1212 2223
#> 148 2020-05-28 682 1918
#> 149 2020-05-29 524 1765
#> 150 2020-05-30 425 1451
#> 151 2020-05-31 367 1238
#> 152 2020-06-01 106 643
#> 153 2020-06-02 813 1696
#> 154 2020-06-03 414 1020
#> 155 2020-06-04 133 595
#> 156 2020-06-05 2880 4188
#> 157 2020-06-06 162 883
#> 158 2020-06-07 177 759
#> 159 2020-06-08 587 1216
#> 160 2020-06-09 395 922
#> 161 2020-06-10 191 664
#> 162 2020-06-11 955 1771
#> 163 2020-06-12 82 583
#> 164 2020-06-13 1388 2608
#> 165 2020-06-14 376 1040
#> 166 2020-06-15 292 1039
#> 167 2020-06-16 163 736
#> 168 2020-06-17 642 1431
#> 169 2020-06-18 419 1086
#> 170 2020-06-19 219 844
#> 171 2020-06-20 337 973
#> 172 2020-06-21 209 752
#> 173 2020-06-22 234 773
#> 174 2020-06-23 73 437
#> 175 2020-06-24 233 733
#> 176 2020-06-25 556 1155
#> 177 2020-06-26 250 835
#> 178 2020-06-27 121 620
#> 179 2020-06-28 195 659
#> 180 2020-06-29 93 434
#> 181 2020-06-30 193 551
#> 182 2020-07-01 285 669
#> 183 2020-07-02 254 677
#> 184 2020-07-03 265 766
#> 185 2020-07-04 271 810
#> 186 2020-07-05 160 654
#> 187 2020-07-06 233 755
#> 188 2020-07-07 106 473
#> 189 2020-07-08 299 769
#> 190 2020-07-09 287 775
#> 191 2020-07-10 348 961
#> 192 2020-07-11 130 647
#> 193 2020-07-12 303 907
#> 194 2020-07-13 128 572
#> 195 2020-07-14 84 415
#> 196 2020-07-15 259 659
#> 197 2020-07-16 366 818
#> 198 2020-07-17 246 769
#> 199 2020-07-18 281 872
#> 200 2020-07-19 193 748
#> 201 2020-07-20 173 672
#> 202 2020-07-21 94 457
#> 203 2020-07-22 655 1327
#> 204 2020-07-23 342 985
#> 205 2020-07-24 209 864
#> 206 2020-07-25 304 998
#> 207 2020-07-26 239 874
#> 208 2020-07-27 114 607
#> 209 2020-07-28 280 831
#> 210 2020-07-29 402 1021
#> 211 2020-07-30 518 1346
#> 212 2020-07-31 379 1274
#> 213 2020-08-01 231 1029
#> 214 2020-08-02 198 861
#> 215 2020-08-03 110 575
#> 216 2020-08-04 232 725
#> 217 2020-08-05 813 1584
#> 218 2020-08-06 425 1300
#> 219 2020-08-07 760 2011
#> 220 2020-08-08 222 1205
#> 221 2020-08-09 618 1837
#> 222 2020-08-10 145 932
#> 223 2020-08-11 667 1786
#> 224 2020-08-12 573 1614
#> 225 2020-08-13 574 1799
#> 226 2020-08-14 631 1998
#> 227 2020-08-15 947 2320
#> 228 2020-08-16 366 1606
#> 229 2020-08-17 214 1177
#> 230 2020-08-18 513 1566
#> 231 2020-08-19 1037 2382
#> 232 2020-08-20 1120 2895
#> 233 2020-08-21 1070 3230
#> 234 2020-08-22 1213 3729
#> 235 2020-08-23 1374 4214
#> 236 2020-08-24 752 3280
#> 237 2020-08-25 811 3171
#> 238 2020-08-26 2156 5292
#> 239 2020-08-27 1460 4685
#> 240 2020-08-28 1522 5106
#> 241 2020-08-29 1425 5018
#> 242 2020-08-30 1292 4768
#> 243 2020-08-31 729 3527
#> 244 2020-09-01 966 3596
#> 245 2020-09-02 1806 4875
#> 246 2020-09-03 1481 4719
#> 247 2020-09-04 2164 6189
#> 248 2020-09-05 1668 5751
#> 249 2020-09-06 996 4551
#> 250 2020-09-07 954 4014
#> 251 2020-09-08 1707 5056
#> 252 2020-09-09 1514 4893
#> 253 2020-09-10 1789 5607
#> 254 2020-09-11 1643 5572
#> 255 2020-09-12 1398 5219
#> 256 2020-09-13 1421 5145
#> 257 2020-09-14 702 3578
#> 258 2020-09-15 1509 4709
#> 259 2020-09-16 1730 5038
#> 260 2020-09-17 1744 5462
#> 261 2020-09-18 2306 6735
#> 262 2020-09-19 1423 5571
#> 263 2020-09-20 1550 5662
#> 264 2020-09-21 1159 4717
#> 265 2020-09-22 1448 5002
#> 266 2020-09-23 1958 5825
#> 267 2020-09-24 1970 6154
#> 268 2020-09-25 2068 6644
#> 269 2020-09-26 1841 6461
#> 270 2020-09-27 1682 6173
#> 271 2020-09-28 1274 5239
#> 272 2020-09-29 1845 5985
#> 273 2020-09-30 2101 6457
#> 274 2020-10-01 3550 9228
#> 275 2020-10-02 2471 8383
#> 276 2020-10-03 3270 10122
#> 277 2020-10-04 2350 8821
#> 278 2020-10-05 1987 7964
#> 279 2020-10-06 3212 9778
#> 280 2020-10-07 5109 13209
#> 281 2020-10-08 5433 15304
#> 282 2020-10-09 6512 18724
#> 283 2020-10-10 6130 19635
#> 284 2020-10-11 5222 18866
#> 285 2020-10-12 3937 16193
#> 286 2020-10-13 7603 21983
#> 287 2020-10-14 9174 25518
#> 288 2020-10-15 10690 30589
#> 289 2020-10-16 11450 34600
#> 290 2020-10-17 11978 37855
#> 291 2020-10-18 12618 40713
#> 292 2020-10-19 7495 32319
#> 293 2020-10-20 12782 40237
#> 294 2020-10-21 21492 54994
#> 295 2020-10-22 17161 54151
#> 296 2020-10-23 22918 67816
#> 297 2020-10-24 20316 67280
#> 298 2020-10-25 23186 74698
#> 299 2020-10-26 13694 58793
#> 300 2020-10-27 28806 83122
#> 301 2020-10-28 28661 85603
#> 302 2020-10-29 29057 92808
#> 303 2020-10-30 36278 109440
#> 304 2020-10-31 32758 109095
#> 305 2020-11-01 28348 103910
#> 306 2020-11-02 16687 78677
#> 307 2020-11-03 36423 107864
#> 308 2020-11-04 33439 104233
#> 309 2020-11-05 39546 120965
#> 310 2020-11-06 41970 131158
#> 311 2020-11-07 42393 138059
#> 312 2020-11-08 26944 112887
#> 313 2020-11-09 19795 90787
#> 314 2020-11-10 49888 136111
#> 315 2020-11-11 31512 110194
#> 316 2020-11-12 44617 136396
#> 317 2020-11-13 44696 141157
#> 318 2020-11-14 34389 128344
#> 319 2020-11-15 31450 119851
#> 320 2020-11-16 22351 96483
#> 321 2020-11-17 38921 119404
#> 322 2020-11-18 37381 117816
#> 323 2020-11-19 38914 125880
#> 324 2020-11-20 39093 129514
#> 325 2020-11-21 33069 120516
#> 326 2020-11-22 23474 99524
#> 327 2020-11-23 18975 82194
#> 328 2020-11-24 24445 84243
#> 329 2020-11-25 29690 91163
#> 330 2020-11-26 33603 101124
#> 331 2020-11-27 28527 97270
#> 332 2020-11-28 25043 91784
#> 333 2020-11-29 16535 72625
#> 334 2020-11-30 13425 59051
#> 335 2020-12-01 24011 72140
#> 336 2020-12-02 22973 71046
#> 337 2020-12-03 27356 81556
#> 338 2020-12-04 25912 82953
#> 339 2020-12-05 18908 72640
#> 340 2020-12-06 17409 66897
#> 341 2020-12-07 10252 48710
#> 342 2020-12-08 16831 55441
#> 343 2020-12-09 11343 43710
#> 344 2020-12-10 24343 64558
#> 345 2020-12-11 21595 63421
#> 346 2020-12-12 21910 68884
#> 347 2020-12-13 16568 61728
#> 348 2020-12-14 8294 43096
#> 349 2020-12-15 19699 58291
#> 350 2020-12-16 21797 60748
#> 351 2020-12-17 19688 62370
#> 352 2020-12-18 18430 62390
#> 353 2020-12-19 15249 56681
#> 354 2020-12-20 14296 53220
#> 355 2020-12-21 8046 38498
#> 356 2020-12-22 17311 51204
#> 357 2020-12-23 16518 49672
#> 358 2020-12-24 23215 64150
#> 359 2020-12-25 20611 64861
#> 360 2020-12-26 5796 38433
#> 361 2020-12-27 7838 34486
#> 362 2020-12-28 8702 30698
#> 363 2020-12-29 15891 41521
#> 364 2020-12-30 24647 58245
#> 365 2020-12-31 35222 83433
#> 366 2021-01-01 21433 73856
#> 367 2021-01-02 6406 44393
#> 368 2021-01-03 17667 58159
#> 369 2021-01-04 8392 36873
#> 370 2021-01-05 23293 60909
#> 371 2021-01-06 27869 70642
#> 372 2021-01-07 16302 60434
#> 373 2021-01-08 17665 62356
#> 374 2021-01-09 23406 71128
#> 375 2021-01-10 17685 63647
#> 376 2021-01-11 8638 44741
#> 377 2021-01-12 17019 54605
#> 378 2021-01-13 18113 54625
#> 379 2021-01-14 19498 59924
#> 380 2021-01-15 15544 55437
#> 381 2021-01-16 16973 57601
#> 382 2021-01-17 9876 43658
#> 383 2021-01-18 6399 32134
#> 384 2021-01-19 13399 40396
#> 385 2021-01-20 18464 48045
#> 386 2021-01-21 15185 47603
#> 387 2021-01-22 13658 47204
#> 388 2021-01-23 13518 46691
#> 389 2021-01-24 10375 40441